Характеристика генофонда мясных пород свиней украинского происхождения по локусам микросателлитов ДНК
Характеристика генофонда мясных пород свиней украинского происхождения по локусам микросателлитов ДНКС.И. Луговой
В статье приведены результаты генетического анализа популяций свиней украинской мясной и красной белопоясой пород, а также внутрипородного типа свиней породы дюрок украинской селекции «Степной». Анализ выполнен на основании данных полиморфизма 12 локусов микросателлитов ДНК. Установлено, что украинские породы свиней мясного направления продуктивности являются генетически своеобразными и дифференцированными между собой.
Введение. Современный генофонд свиней в Украине включает в себя 12 отечественных и зарубежных пород. По данным Н.Д. Березовского [1], соотношение этих пород приблизительно следующее: крупная белая - 67,0%, ландрас - 19,9%, украинская мясная - 3,9%, полтавская мясная - 2,7%, красная белопоясая - 1,8%, украинская степная белая 1,5%, миргородская - 1,2%, крупная черная 0,7%, дюрок - 0,7%, уэльс - 0,3%, пьетрен - 0,2% и украинская степная рябая - 0,1%.
Неотъемлемой составной частью разведения животных являются методы молекулярногенетического маркирования. В свою очередь, одним из важнейших первоначальных этапов применения молекулярно-генетических маркеров для сохранения и рационального использования генофондов является инвентаризация последних с учетом породной и хозяйственной дифференциации, изучение динамики изменений параметров генетической структуры популяций в пространстве и во времени [2].
В связи с вышеизложенным, целью наших исследований было проведение генетического анализа свиней двух пород мясного направления продуктивности украинского происхождения - украинской мясной и красной белопоя- сой, а также внутрипородного типа свиней породы дюрок украинской селекции «Степной».
Условия, материалы и методы исследований. В качестве материала для исследований использовали образцы ткани (ушной вы- щип) свиней пород красная белопоясая (КЫШ), украинская мясная (УМ) и внутрипородного типа свиней породы дюрок украинской селекции «Степной» (ДУСС). Исследуемые животные принадлежали племенным заводам ООО «Таврийские свиньи» (УМ; n = 75) и ГП ОХ «Аскания-Нова» (УМ; n = 53) Херсонской области, ПАО «Племзавод «Степной» Запорожской области (ДУСС; n = 72) и СХ ЧП «Техмет-Юг» Николаевской области (ДУСС; n = 18; КБПП; n = 46).
Лабораторные исследования проводили в условиях лаборатории молекулярной генетики и цитогенетики животных Центра биотехнологии и молекулярной диагностики Всероссийского научно-исследовательского института животноводства Россельхозакадемии.
Выделение ДНК проводили с помощью колонок фирмы Nexttec и с использованием набора реагентов DIAtomTM DNA Prep100.
Анализ ДНК и постановку ПЦР осуществляли согласно методик ВИЖ [3]. Мультиплексный анализ 12 локусов (SW24, S0155, SW72, SW951,S0386,S0355,SW240,SW857, SW0101, SW936, SW911 и S0228) микросателлитов ДНК (МС-ДНК) проводили на генетическом анализаторе АВ1 Prism 3130x1. Обработку данных капиллярного электрофореза осуществляли путем перевода длин фрагментов в числовое выражение на основании сравнения их подвижности со стандартом ДНК.
Весь статистический анализ был проведен по общепринятым методикам [4]
Особенности внутри- и межпопуляционной генетической изменчивости исследованных популяций свиней на основе микросателлитов ДНК были проанализированы с использованием трех различных способов. Вначале были рассчитаны индексы Фишера (Fis, Fit и Fst) для различных используемых локусов микросателлитов ДНК.
Кроме того, был использован Assignment- тест, который рассматривал генетическое разнообразие каждой особи и популяции, из которой она происходила, и оценивал вероятность отнесения данной особи или к своей собственной популяции, или к иной [5].
Статистическую обработку данных проводили с использованием пакета MS Excel 2007 с плагином GenAIEx v. 6.5 [6].
Анализ и обсуждение результатов. В результате анализа частот генотипов животных по всем исследованным локусам микросателлитов ДНК, нами установлено, что для изученных популяций характерна общая особенность - дефицит гетерозигот (табл. 1).
Однако, его степень в популяциях различный - от 0,066 для свиней украинской мясной и красной белопоясой пород до 0,109 - в популяции свиней внутрипородного типа свиней породы дюрок «Степной». Кроме того, эффективное число аллелей у животных данного типа также было минимальным среди изученных пород - 3,067. Эти особенности, очевидно, являются следствием продолжительного разведения «в себе» данной популяций животных в процессе создания нового селекционного достижения.
Максимальное количество аллелей, а также эффективное число аллелей было отмечено в популяции свиней украинской мясной породы - 8,417 и 3,830 соответственно.
Таблица 1 - Генетическое разнообразие пород свиней по локусам МС-ДНК (в целом по всем 12 локусам)
| Порода | Количество аллелей, Na | Эффектив-ное число аллелей, Ae | Гетерозиготность | Индекс фиксации.^ | |
| наблюдаемая, Ho | ожидаемая, He | ||||
| ДУСС | 6,667±0,644 | 3,067±0,388 | 0,553±0,062 | 0,617±0,046 | <
|